Según sus estatutos en vigencia, los objetivos de la Fundación Pueblo Indio del Ecuador son:

• Brindar servicios, asesoramiento y apoyo a los grupos indígenas organizados  del Ecuador para que puedan constituirse  como pueblos, con su autodeterminación política, en el seno de la sociedad ecuatoriana.
• Promover y apoyar la constitución de una auténtica Iglesia Indígena en el seno de la Iglesia Católica, a partir de la teología y espiritualidad propias.